清理階級隊伍，簡稱「清隊」，是文革時期，主要於1968年-1969年間開展的一場大規模政治運動。
1967年11月27日，江青在北京工人座談會上說：「在整黨建黨的過程中，在整個無產階級文化大革命的過程中，都要逐漸地清理階級隊伍。」
1968年5月13日，姚文元把《北京新華印刷廠軍管會發動群眾開展對敵鬥爭的經驗》文件呈交毛澤東，並在上交報告中寫道：「此件總結了清理隊伍中的一些政策性問題。」 5月19日，毛澤東在此件上作出批示：「文元同志：建議此件批發全國。在我看過的同類材料中，此件是寫得最好的。」
於是，1968年5月25日，中共中央、中央文革小組發出《轉發毛主席關於〈北京新華印刷廠軍管會發動群眾開展對敵鬥爭的經驗〉的批示的通知》，清隊運動在全國範圍內展開。
清隊運動中，許多文革初期活躍的造反派領袖和成員開始遭到清算整肅，從批鬥他人到被他人批鬥，有些成員甚至遭到長期監禁。此外，知識分子、科研人員、文藝工作者等也都是重點被整肅的對象。還出現了如趙健民雲南特務案等重大冤假錯案。有學者認為，清理階級隊伍是文革開始以來政治運動的又一個高峰期，是冤假錯案最多的時期，也是文革中死人最多的時期。中共官方後來承認運動製造了數以百萬計的冤假錯案，加上他們的親屬和有各種社會聯繫的人，全國被株連的人上億。
清隊運動期間，中國大陸科研教學機構遭到波及，其中「海歸」人員被打成「間諜」或「特務」是普遍現象。
1968年7月3日，中國科學院革命委員會宣布全面開展清理階級隊伍工作，許多知識分子和幹部被立案審查，遭到非法監禁、殘酷折磨、刑訊逼供。依據中科院官方文獻記載：當時，科學院京區職工總數9279人，被群眾專政和隔離審查的881人，占9.5%；其中被定敵我性質的102人，占京區總人數的1.1%，為受審查人數的11.5%。到1968年底，京區7名院級幹部都成為「打倒對象」；71名廳局級幹部和192名處級幹部中，分別有59名（83%）和99名（52%）被列為「打倒」或「重點審查」對象；副研究員以上高級研究人員180名中，被立案審查的107名（59%），其中83人工資被扣，每人每月僅發給相當於原工資6%的生活費。「文革」十年，科學院全院被抄家的達1909戶，被迫害致死的229人。
與此同時，中國科學院上海分院各研究所在清隊過程中有600多人被誣為特務，其中200多人被隔離審查，2人被打死，10人打成殘廢，4人自殺。
清華大學在清隊中六千名教職員工中五分之一被審查，178人被定為「敵我矛盾」、12人自殺；湖南大學在清隊中被迫害自殺死亡18人、長期挨斗折磨致死的6人；華東師範大學800多學生被定為敵我矛盾、60多人自殺；蘭州大學被立案審查的達450人、23人被迫害致死。
1969年中蘇兩國處於核戰爭邊緣，作為「兩彈一星」核心基地的青海「221」核武器研究基地於1969年11月被軍管，不久周恩來指派海軍副司令、國防科委副主任趙啟民以及公安部領導成員、原空軍副軍長趙登程前往清隊。據統計，軍管組對3200餘人核彈基地的科學家、幹部和普通人進行整肅，大搞刑訊逼供，一些核基地內的工作人員被認為是蘇聯的「特務」，導致108人自殺、致傷致殘400餘人，其中包括大量科學家，1970年運動高潮之際甚至「當眾槍殺5人，其中三名科技人員」。另有統計，在青海核基地內，截止1971年9月有四千多名職工受到迫害和審查、310多人傷殘、40多名職工自盡、5人遭到槍決。
學者丁抒估計，清隊運動中有約三千萬人遭到批鬥迫害，死亡人數超50萬。依據美國斯坦福大學教授安德魯·G·魏昂德和加州大學歐文分校教授蘇陽於2003年發表的學術論文中所引用數據，廣東省農村地區在清隊運動中有超3萬人死亡，上海市1968年有超過5000人在運動中死亡。另據楊繼繩《天地翻覆》一書的記載，至1968年底，安徽省在清隊過程中清理出「壞人」超43萬，在刑訊逼供中採用了幾十種酷刑，被縣以上專政機關關押188,225人，其中4,646人在關押期間被逼自殺、被打死1,433人。趙健民雲南特務案導致雲南省全省138萬7千餘人受到牽連，1萬7千餘人死亡，當時雲南省的總人口為2300萬人，受迫害的人數占全省總人口約百分之六。
在受到衝擊的兩千多個縣當中，平均下來一個縣有一百人左右因該活動而死亡。而有的縣超過二百人死亡，譬如江西瑞金大屠殺導致江西省瑞金縣300餘人死亡、興國縣270餘人死亡、于都縣500餘人死亡。再如上海川沙縣有5,063人在這個活動中被揪斗，其中236人死亡；寶山縣就有1,702人被揪斗，其中有334人死亡。在人口特別少的縣，如中蘇邊境的黑龍江省愛輝縣，有1,500多人因該活動而被關押，其中有65人死亡，屬於較低比例。而吉林省延吉縣相關的「深挖」活動中，樺田生產隊被波及的110戶人家，就有41人被揪斗致死致傷。
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（作者提供/責任編輯：晟睿）